烈火中的文明
#1 序 幕
一位不知名的女士驾驶的飞船，由于飞行意外坠落在野外，女士步履蹒跚地走出机舱，晕倒在路边。当她醒来的时候发现自己躺在一间小屋里。与小男孩艾比交谈一阵之后，发现自己完全失去记忆。好心的大娘一定要丹（男主角）帮罗萨（女主角）办一个在当地必需要的身份证，并帮罗莎恢复记忆，丹只好答应找好友巴迪帮罗莎办身份证。他决定了第二天一早出发。
#1 第一章 琼岛镇 巴迪
在小屋里记住装上自己拥有的装备，然后出小屋，一路左行，你会看到有EXIT的出口（游戏中所有的出口均有EXIT字样），当然沿途会有敌人向你攻击。通过一个大桥会来到琼岛镇广场，在这里的酒馆内得知夜晚商店里会有武器装备出售。在巴迪的家中与美姬（巴迪的女朋友）约好第二天相见。在酒店住到半夜，前往商店购买一些装备准备以后的恶战。应约来到巴迪家，目睹巴迪精神失常，亲手杀死了美姬。为了揭开巴迪发狂之谜，两人来到了嫌疑最大的镇长家。不出所料，就是镇长造成了巴迪发狂。打倒气焰嚣张的镇长之后，得知在镇长家的博士可能有治疗巴迪的药。进入一楼左边的房门找到博士，干掉他和他放出的狂人之后，知道了克隆人首脑莫森的想将人类变成奴隶的阴谋。返回巴迪的家中，拿到已经做好的身份证。告知他的病无药可救时，他丧失了生存的勇气，丹虽然阻止了他自杀，却在制服他的战斗中失手打死了巴迪。（选择另一支路结局相同。）
#1 第二章 灯塔海岛 海鲸老人
埋葬了巴迪之后，丹和罗莎决定回小屋向依露婶婶告别，却发现克隆人正在逼问可怜的小艾比，而婶婶已经倒在血泊中。怒不可遏的丹干掉克隆兵后，按照婶婶的遗言带走了艾比，前往灯塔海岛去找海鲸老人，让他照顾艾比。烧毁了小屋火化了婶婶，三人踏上了前往灯塔海岛的道路。穿过琼岛镇就是灯塔海岛，一直爱慕婶婶的海鲸老人答应照顾艾比。就在此时，死缠烂打的克隆兵又来了，海鲸老人出手不凡，三人联手消灭了来犯的敌人。老人打开了通往飞机场的秘密隧道，让丹和罗莎从空中逃走，分手时还教会了罗莎绝技“鲸啸”。（^454501a^）
#1 第三章 出逃
两人在飞机场无计可施时，发现正好有一架飞机降落，而且又没有锁上机舱的门，正在发愁没有飞行员的指纹启动飞机时，飞行员回来了。飞行员凯茜不受丹的威胁，一番较量后凯茜得知两人要与克隆人作战答应送两人离开琼岛。飞机一起飞就遭到了克隆人的攻击，凭着凯茜高超的驾驶技术才逃过一劫。冰释前嫌后三人一起踏上了前往维勒城的旅途。
#1 第四章 荒原
一片荒原中摸索，经过断桥到达一艘外星人飞船边，三人决定让罗莎继续在荒原寻找出路，丹和凯茜进入飞船。罗莎（此时玩家控制罗莎）在荒原中寻找出路，再次回到断桥边发现一群克隆兵正在欺负一个小孩，罗莎挺身而出救了这位名叫“小不点儿”的小男孩。从他口中得知他有一个叫“大个子”的朋友也许知道走出荒原的路线。两人来到遗迹的山洞中找“大个子”，鲁莽的大个子和罗莎打了起来。多亏小不点及时制止。从大个子——辛普顿口中得知步行出荒原需要一个月，而且外星人的飞船中还有活着的外星人，丹和凯茜有危险，两人急忙前往飞船残骸处帮助他们。进入飞船通道后，找到丹和凯茜。在外星人冬眠室里击败了外星人头目和战士，并且在奄奄一息的头目口中得知了外星人入侵地球的真正原因——“美国人的霸权主义”。丹还接受了外星人传授的绝技“战神”。
#1 第五章 拉曼城
出了外星人飞船，丹说服大家一起到克隆人的首都——拉曼城去。为了让“大个子”辛普顿同行，丹将“小不点儿”托付给一对好心的中年夫妇。一行四人坐着外星人留下的飞车来到了拉曼，此时丹才告诉大家他受抵抗军的委托找一个叫马克的人，他有一张光盘可以解密。大家到酒馆里找线索却毫无头绪，刚出酒馆就有一个自称“汉斯”的人说他能帮他们找到马克。来到马克家，“汉斯”又说自己就是马克。经证实后，马克不愿给抵抗军解密光盘，但在他昔日老师布莱恩书信的开导下，他终于答应帮助将信息球的内容转换成人类能懂的格式。于是大家一起向马克的办公室走去。在城里的商店或广场的路人手中更新装备后来到研究中心。门卫要通行证才允许入内，干掉中心旁边的克隆兵得到克隆军服即可进入研究中心。在第三层的马克实验室内发现了光碟，但只允许智脑使用，不得已三人又离开了研究中心。凯茜及时地驾驶着飞船来接应三人，五人一起来到了维勒城。（^454501b^）
#1 第六章 维勒城
来到维勒城在商店更新装备之后，其他人到旅馆休息，丹去向布莱恩博士汇报工作。罗莎在维勒城的酒馆里发现了丹的踪迹，在酒窖里丹向在亚洲的博士汇报了工作。罗莎发现丹一直在怀疑自己，伤心地跑出了酒吧。想通以后再次回到旅馆，丹按照博士的吩咐带领大家到巴尔尼特山伊曼将军的军事基地工作。
#1 第七章 抵抗军基地
可万万没想到的是，一下飞车就遭到了克隆特种兵的攻击。丹带领大家一路飞奔，前往抵抗军基地办公室报告将军。从将军那里得到了有可能给光碟解密的希望——“隐身仪”。丹决定前往克隆人新建的基地中夺取电脑芯片使“隐身仪”能重新工作起来。凯茜在得知丹就是“自由之鹰”后对丹敬佩不已，对他的指挥更是言听计从了。在炸毁克隆军基地后，一行人直奔指挥中心，在里屋的木箱中找到了电脑芯片。回到将军处装好隐身仪，大家再次回拉曼城盗取芯片。
#1 第八章 再会拉曼
大家一同使用隐身仪后，向研究中心大楼智脑控制室进发了。由于有隐身仪的帮助，一路上没有人阻拦。直奔位于三楼的智脑控制室，俘虏一名科学家后，用智脑解开了光碟之谜。原来里面全是克隆人首脑莫森的最高级科学及军事机密。就在这时，科学家按下了警报开关，在出口关闭后马克对抵抗克隆人感到后悔，在毫无抵抗的情况下被机械兵杀死。罗莎三人回来与丹一起干掉了机械兵后，一路杀出重围。在研究中心外，凯茜为救丹而身负重伤。大家急忙赶回基地为凯茜疗伤。
#1 第九章 胜利归来
刚到基地又遭到克隆军王牌部队的阻击，辛普顿为了凯茜的安全而作出了自我牺牲。三人在无尽的悲伤中走进了抵抗军基地。向将军报告了此次行动之后，三人来到兵营中休息了一晚。躺在病床上的凯茜向丹表达了自己的爱意，而丹也接受了凯茜并答应在回到维勒城后与凯茜结婚，在门外的罗莎将这一切全部看在了眼里。第二天一早三人出发回到了维勒城。
#1 第十章 重回维勒
回到维勒城，全体一起前往酒馆的秘密联络处找布莱恩博士。博士确认了资料的真实性以后，告诉了丹资料的来源十分神秘。一位不知名的女士将它放在了我方特工的家门口。之后，为罗莎治疗了脑部的伤势，罗莎是克隆人的可能性排除了，但是一个更加惊人的消息随着她记忆的恢复传出了，她竟然是克隆人首脑莫森的女儿——艾莉。头脑一片混乱的她，没有敢将自己的身份告诉丹和凯茜，还答应参加丹和凯茜的婚礼。在教堂里，克隆人的一号人物、战斗力最强的里卡德出现了。在与艾莉的对话中，丹和凯莉知道了艾莉的真实身份。艾莉为了保护自己的朋友，自愿与里卡德回到莫森身边。可里卡德出尔反尔，还说出了另一个惊人的秘密——艾莉的母亲是克隆人，就是她将光碟放在抵抗军特工的家门口。艾莉立即由人类死敌的女儿变成了人类救星的女儿，而这个救星却偏偏是一个克隆人，相反死敌却是人类中的败类，真是一个极大的讽刺。丹和凯莉帮助了艾莉，三人联手和里卡德展开了一场殊死的搏斗。每个人都使出浑身解数才将这位不可一世的克隆战士击败。
#1 尾 声
一番苦战之后，三人围绕着克隆人与人类的关系展开了一场讨论。虽然没有得出什么结论，但是也给人们一定的启示。人类和克隆人为什么一定要相互敌对，不能和平共处呢？克隆人的首脑不就是人类吗？种族歧视不是一种错误的观点吗？交谈之后艾莉离开了维勒城，踏上了营救母亲的征途。在一片美丽的落日余辉中，她那美丽的身影消失在远方，也留给大家深深的思考……