同时使用FAT32与FAT16
要想同时获得FAT32与FAT16的优点，克服各自的缺点，只有同时使用它们。
#1 一、硬盘所有的分区都小于2GB
当硬盘所有的分区都小于2GB时，则可以在DOS下对硬盘进行分区和格式化，此时的文件系统是FAT16，按顺序安装DOS和WIN98。启动WIN98，单击“开始/程序/附件/系统工具”，然后单击“驱动器转换器”（FAT32）。选择需要转换的分区，将它转换为FAT32（C盘保留为FAT16）。这样，C盘为FAT16文件系统，可以实现WIN98的双重启动和卸载，其它分区是FAT32文件系统，可以有效地利用硬盘空间。当然，双启动进入以前的DOS或Windows后，只能使用C盘，不能识别和使用其它的FAT32分区盘。
#1 二、硬盘分区大于2GB
若硬盘较大，为了避免分区过多带来管理上的不方便，则硬盘的分区有可能大于2GB；或硬盘容量在8GB以上，由于分区数不能超过4个，则必然有分区大于2GB。由于FAT16文件系统的最大分区不能超过2GB，因此在对硬盘进行分区时，只能采用FAT32文件系统进行分区。
1.系统盘采用FAT16，其它盘采用FAT32
采用FAT32文件系统对硬盘进行分区时，若分区小于512MB，则系统自动使用FAT16文件系统。因此分区时，若C盘小于512MB，则可以按一般的步骤进行分区和格式化。用WIN98创建的启动盘启动计算机，运行FDISK，当出现“Do you wish to enable large disk support（Y/N）…?”的提问时，回答“Y”，在创建主分区时，使其容量小于512MB，其它分区容量任意，若其它分区容量大于512MB，则系统采用FAT32文件系统。退出FDISK，用WIN98启动盘重新启动计算机，用Format格式化其它分区即可。
但分区时，若C盘大于512MB，则不能采用一般的步骤，可以按以下步骤进行分区：
·用WIN98启动盘启动计算机；
·运行FDISK，当出现“Do you wish to enable large disk support（Y/N）…?”的提问时，回答“N”，进入FDISK，创建主分区 。然后退出FDISK；
·再次进入FDISK，当出现“Do you wish to enable large disk support（Y/N）…?”的提问时，回答“Y”，进入FDISK后，不创建主分区，而是直接创建扩展分区和逻辑分区，分区结束后退出FDISK；
·重新启动计算机，用Format格式化各分区。
经过以上步骤后，C盘采用的是FAT16文件系统，其它分区若大于512MB则采用FAT32文件系统。
采用FAT16文件系统时，若分区大于1024MB，则硬盘每簇占用32KB，为了更有效地利用硬盘空间，一般C盘小于1024MB。另外，由于WIN98的应用程序在安装时经常向系统盘内拷入动态链接库和其它文件，因此C盘也不能太小，一般为1000MB，应用软件则安装在其它盘上。
若系统盘采用FAT16系统文件，则安装WIN98的步骤为：
·安装以前的DOS；
·用WIN98的启动盘启动计算机；
·安装WIN98。
注意：千万不要用硬盘启动DOS后再安装WIN98。WIN98在安装时将保存光驱的驱动器号，以备以后添加程序。若用硬盘启动DOS，因其不能识别FAT32，则光驱将占用硬盘的驱动器号。安装完后启动WIN98，由于WIN98文件系统能识别FAT32盘，则硬盘驱动器将占用安装WIN98时的光驱驱动器号，在以后添加程序时，WIN98将找不到安装路径。
2.系统盘采用FAT32，其它分区中有的采用FAT16
在这种情况下，可以用WIN98的启动盘启动计算机，运行FDISK，当出现“Do you wish to enable large disk support（Y/N）…?”的提问时，回答“Y”，进入FDISK后，按顺序创建主分区、扩展分区和逻辑分区。退出FDISK后，重新启动计算机，格式化各分区。若在分区创建时，逻辑分区小于512MB，则系统自动采用FAT16文件系统。由于C盘为FAT32文件系统，不能实现双重启动。