目录与子目录
目录是分区内用以记录有关文件信息（诸如文件名、长度、及日期时间等等）的区域。在ＦＡＴ文件系统中有两类目录，即根目录及子目录。
Ｔｈｅｒｅ ｉｓ ｏｎｌｙ ｏｎｅ ｒｏｏｔ ｄｉｒｅｃｔｏｒｙ．Ｔｈｅ ｒｏｏｔ ｄｉｒｅｃｔｏｒｙ ｉｓ ｃｒｅａｔｅｄ ｗｈｅｎ ｔｈｅ ｐａｒｔｉｔｉｏｎ ｉｓ ｆｏｒｍａｔｔｅｄ ａｎｄ ｃａｎ ｎｏｔ ｂｅ ｒｅｍｏｖｅｄ．Ｔｈｅ ｒｏｏｔ ｄｉｒｅｃｔｏｒｙ＇ｓ ｓｉｚｅ ｉｓ ｆｉｘｅｄ．Ｏｎ ａ ｈａｒｄ ｄｒｉｖｅ ｔｈｅ ｒｏｏｔ ｄｉｒｅｃｔｏｒｙ ｃａｎ ｃｏｎｔａｉｎ ５１２ ｆｉｌｅｓ ｏｒ ｓｕｂｄｉｒｅｃｔｏｒｉｅｓ．
根目录只有一个。它是在对分区进行高级格式化时创建的，不可删除。根目录的大小是固定不变的。硬盘上的根目录可包含５１２个文件或子目录。
Ｔｈｅｒｅ ｃａｎ ｂｅ ａｎｙ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｓｕｂ ｄｉｒｅｃｔｏｒｉｅｓ． Ｓｕｂｄｉｒｅｃｔｏｒｉｅｓ ｃａｎ ｂｅ ｃｒｅａｔｅｄ ａｎｄ ｒｅｍｏｖｅｄ ａｔ ａｎｙ ｔｉｍｅ ｖｉａ ａｎ ｏｐｅｒａｔｉｎｇ ｓｙｓｔｅｍ ｃｏｍｍａｎｄ（ＭＤ／ＲＤ ｉｎ ＤＯＳ）． Ｃｌｕｓｔｅｒｓ ａｒｅ ａｌｌｏｃａｔｅｄ ｆｏｒ ｓｕｂｄｉｒｅｃｔｏｒｉｅｓ ｊｕｓｔ ｌｉｋｅ ｆｉｌｅｓ．Ｓｕｂｄｉｒｅｃｔｏｒｉｅｓ ｃａｎ ｇｒｏｗ ａｓ ｆｉｌｅｓ ａｎｄ ｏｔｈｅｒ ｓｕｂｄｉｒｅｃｔｏｒｉｅｓ ａｒｅ ａｄｄｅｄ ｔｏ ｔｈｅｍ．
子目录可以有任意个。通过操作系统命令（ＤＯＳ中为ＭＤ／ＲＤ），可在任何时候建立子目录和删除子目录。为子目录分配簇与为文件分配簇相类似．子目录可随文件及其他子目录加于其中而得以扩展。