MS-DOS6.2全新的系统管理
MS-DOS6.2提供了一个崭新的磁盘增容程序Doublespace，它克服了DOS6.0版本磁盘压缩程序功能的不足，减少了增容过程中事故发生的可能性，使磁盘增容更为可靠和安全。
2.彻底开放的配置管理：
MS-DOS6.2向用户提供了灵活方便的配置管理和自动批处理的功能，DOS6.2的Config.sys文件中可以定义多种不同的配置。用户可以以多个配置中的某一种来启动计算机。
多配置config.sys分为两部分，一是起始菜单部分，二是各配置项的具体内容，它们用空行隔开，各自成块。
3.加强的备份文件功能
MS-DOS6.2为用户提供了更强大的备份文件功能。使用户可用三种方法备份数据：完全备份(full backup)，增量备份(incremental)和差异备份(differential backup)。
完全备份(full backup)：在备份启动Backup以前选择所有的文件，该项功能可备份包括硬盘上的所有文件，或某种类型的所有文件，或某一特定驱动器上的所有文件，或一个或多个目录上的所有文件。
增量备份(incremental)：只备份上次完全备份或增量备份后修改过的文件。因该功能只备份改动过的文件，所以它可迅速全面防止数据丢失。
差异备份(differential backup)：只备份自上一次完全备份后改动过的文件。 对一天处理同样文件的用户，把完全备份和差异备份组合使用，可大大提高效率。 其方法为：首先进行一次完全备份。然后，每天仅做差异备份就可以了。在一定时期后，再考虑第二次完全备份。而对于每天处理不同文件的用户，则可把完全备份和增量备份结合起来使用。
4.检测病毒的功能： MS-DOS6.2开发了两种版本的检测病毒软件：用于MS-DOS的Anti-Virus和用于WINDOWS的Anti-Virus，它们通过搜索计算机的内存和驱动器以防止计算机病毒，该软件可以发现并删除800种以上的计算机病毒。 可以用多种方法启动Anti-Virus，如直接在DOS下键入命令MSAV，或在PCSHELL，以及在WINDOWS下均可以调用它，用户也可以在批文件中设定它以在开机时自动搜索内存和驱动器防范病毒。 此外，MS-DOS6.2还保留了随时监视计算机内存是否感染病毒的常驻内存程序Vsafe。