《半条命2》游戏剧情溯源
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要追溯《半条命2》的历史，还要从Combine对Xen的进攻说起。
Xen那里居住着多种族的生物，包括野蛮的Headcrab、Houndeye 和Bullsquid，奴性很强的Vortigaunt、Controller、Alien Grunt等。不过总体来讲，Xen上的大部分生物性格温和，本身伤害力也很低。想必大家在玩《半条命2》的时候，都已经见识过这些生物了吧。
大概在1995年的时候，Combine(外形像大虫子，并具有高级智商和寄生能力的生物。以前我们曾和被它们寄生的人类交过手)入侵并控制了Xen，最终使Xen上的生物成为其奴隶种族。同时，Combine利用科技与被Xen称作Vortigaunt的优势种族杂交，制造出名为Super soldier的生物。Super soldier不但能够适应Xen的环境，而且掌握了Combine强大的科技。Super soldier有效地掌控了整个Xen。
Combine后来贿赂和改造了一些种族来作为Xen所谓的领袖，让这些领袖怂恿其他种族迎合Combine的需求。这些所谓的领袖在Xen被称为Nihilanth。
这个时候，地球上的Gordon Freeman正在麻省理工大学攻读博士学位。同时，黑山研究所(进行“层叠共振”实验的地方)的Eli Vance博士和Isaac Kleiner博士正在进行一个名为“心灵传输”的实验，意外地发现了Xen。
为了将实验进行到底，Xen很自然地成为了一个中间站。一些勘探小组被送往这个世界采集实验所需样本。接下来事态却向畸形发展，科学家们决定背弃社会道德，对样本进行决定性的测试。科学家们随即放弃了先前以Xen为中心的研究计划，并切断了与勘探小组的联系。
Gordon’s Sponsor这个神秘的人物预见到过度对样本进行决定性测试(《半条命》里有一封信这样写着：管理者曾一再强调实验样本的重要性，然而在初步实验中就出现了异常波动的光谱分析。实验中用到的分光计按规定只能调到80%的功率，但却被研究人员调到了105%)，会导致地球与Xen这两个空间合并，便引导Gordon Freeman进入实验室。当Gordon Freeman将样本推入光波的一瞬间，“层叠共振”发生了，导致地球与Xen两个空间合并，大量的外空间生物闯入了这个混合体之中。这就是发生在2000年的著名“黑山事件”。
后来Gordon Freeman杀死Nihilanth并解放了Xen，但同时也让Combine知道了地球的存在。Combine认为人类必然会对它们构成威胁，所以决定抢先一步向地球发动攻击。Combine找到了Gordon Freeman在Xen上传送的入口，这让Combine入侵地球水到渠成。
在这个期间，Gordon’s Sponsor把Gordon Freeman放入“Slow-time-warp”，等有需要的时候再将Gordon Freeman唤醒。
2002年，被Combine严密监控的地球上，随处可见“心灵传输”，大量属于Xen的生物被送往地球的各个角落。大肆屠杀让人类文明荡然无存，战争所波及的地方全部变成了废墟。人类开始在城市中寻求更好的避难所，许多难以控制的地区比如乡村和郊外都被抛弃。巨大的人流逃亡到有军队保护和铁丝围绕的城市当中，其中17号城市就是一个典型。
2004年，Combine决定正式入侵地球。Combine以17号城市为大本营，通过先前在Xen用过的技术制造了一种与人类优秀DNA组合的Super-Army。人们惊恐地睁大眼睛，看到每个城市的中心都塌陷下去，形成一个个巨大的深渊，在这些深渊中要塞出现了！一眨眼的功夫，Combine的军队从要塞中倾泻而出，拥向城市的各处。防御系统全面瘫痪，人类动用了核武器也无济于事……这就是《半条命2》里所提到的“七小时战役”。“七小时战役”之后，Breen博士，这位黑山研究所的总负责人，说服人类向Combine投降，并分到一些权力。别无他法之下，人类变成了Combine的奴隶。Breen博士作为Combine的代表，他无时无刻不在宣扬着Combine，“我们应该感谢我们的恩人(Combine)，是我们的恩人(Combine)为我们提供了17号城市这个剩下的最好的地方，17号城市正在成为我们真正的家园，这里永远都是最安全的地方！”
人类投降之后，Combine便展开过渡期任务。它们通过“空气交换程序”将地球上的空气换成人类几乎不能吸入的新型气体。紧接着，它们设立了Supression Field法规来防止人类繁殖。它们还在人类喝的水里放入一些物质，使人类渐渐忘记过去，变得更加顺从。最后，Combine抽干地球上的海洋……
Combine对地球的进攻引起了其他来自Xen的生物不满。Combine在不断压迫人类的同时，也努力驱除着Ant Lion以及其他来自Xen的生物。自由了的Vortigaunt与地球反抗力量结成同盟，准备向Combine复仇。Combine与Ant Lion之间的战争，大部分发生在城市的边缘地带。Combine对这些地方的控制力相对薄弱，而反抗力量恰恰就聚集在这里。
2010年，《半条命2》的序幕拉开。Gordon Freeman被唤醒，并接受神秘人物G-MAN派给他的新工作。一小部分人建立了地下反抗组织，企图使人类最终摆脱Combine的控制。这个组织中有在“黑山事件”中失去了左腿的Eli Vance博士、他的女儿Alyx Vance、Judith Mossman博士、Isaac Kleiner博士和Barney Calhoun。来自Xen的生物Vortigaunt也成了反抗组织的新成员。反抗组织成员使用Eli's实验室提供的技术之后更加神勇，所到之处，敌人被消灭得一干二净。这期间，Gordon Freeman被打上了“救世主”的烙印。
当Gordon Freeman潜入17号城市的时候，被Wallace Breen列入首要追捕及处死名单内。Gordon Freeman躲避追捕，从Combine的魔爪中逃到了Nova Prospekt，这里有大批反抗Combine统治人类的组织。在G-MAN的协助下，Gordon Freeman终于完成任务，摧毁了17号城市里Combine的大本营。让Combine知道它们并不是强不可摧的。人类再一次重新获得自由。
虽然《半条命2》最后并没有交代Combine将如何，但是随着大本营被摧毁，Overwatch没有任何指挥和增援，剩余的军队被消灭之后，Combine在地球上将不复存在。Gordon Freeman再次回到“Slow-time-warp”中，等待他的下一个任务。然而Combine并没有灭绝，它们在其他多维空间的星球上还有很多的军队，它们的帝国依然在无情进攻其他像地球和Xen这样的星球。新的危机即将出现……