NTFS和FAT分区的特点
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目前硬盘的分区模式主要有两种：NTFS和FAT32，以前在DOS下常用的FAT16现在已经渐渐让人忘记，我们也不去过多地谈论。
在Windows2000以前的Windows系统仅支持FAT32和FAT16分区模式，对于NTFS分区模式只有WindowsNT才能支持，因此NTFS的应用不是很广泛。但Windows2000和现在的WindowsXP，已经可以同时支持FAT32和NTFS格式了，因此在这里我们将分别讲述这两种分区格式。
1. FAT32文件系统的特点
同FAT16相比FAT32最大的优点是可以支持的磁盘大小达到2GB(2047GB)，但是不能支持小于512MB的分区。基于FAT32的Windows2000可以支持最大为32GB的分区；而基于 FAT16的Windows2000支持的最大为2.7GB的分区。由于采用了更小的簇，FAT32文件系统可以更有效率地保存信息。如两个分区大小都为2GB，一个分区采用了FAT16文件系统，另一个分区采用了FAT32文件系统。采用FAT16的分区的簇大小为32KB，而FAT32分区的簇只有4KB的大小。这样FAT32就比FAT16的存储效率要高很多，通常情况下要高出15%。 FAT32文件系统可以重新定位根目录和使用FAT的备份副本。另外FAT32分区的启动记录被包含在一个含有关键数据的结构中，减少了计算机系统崩溃的可能性。
2. NTFS文件系统的特点
NTFS可以支持的分区(如果采用动态磁盘则称为卷)大小可以达到2GB。而Windows2000中的FAT32支持最大为32GB的分区。NTFS是一个可恢复的文件系统，在NTFS分区上用户很少需要运行磁盘修复程序。NTFS通过使用标准的事物处理日志和恢复技术来保证分区的一致性。发生系统失败事件时，NTFS使用日志文件和检查点信息自动恢复文件系统的一致性。NTFS支持对分区、文件夹和文件的压缩。任何基于Windows的应用程序对NTFS分区上的压缩文件进行读写时不需要事先用其他程序进行解压缩，文件将自动进行解压缩；在文件关闭或保存时会自动对文件进行压缩。NTFS采用了更小的簇，可以更有效率地管理磁盘空间。在Windows2000的FAT32文件系统的情况下，分区大小在2GB~8GB时簇的大小为4KB；分区大小在8GB~16GB时簇的大小为8KB；分区大小在16GB~32GB时，簇的大小则达到了16KB。而对于Windows2000的NTFS文件系统来说，当分区的大小在2GB以下时，簇的大小都比相应的FAT32簇小；当分区的大小在2GB以上时(2GB~2TB)，簇的大小都为4KB。相比之下，NTFS可以比FAT32更有效地管理磁盘空间，最大限度地避免了磁盘空间的浪费。
下面的表格描述了文件系统与操作系统之间的兼容性：（图1）
下面的表格描述了每种文件系统下磁盘存储容量和文件大小方面的限制：（图2）
值得提出的是：如果硬盘分区采用的是FAT或FAT32文件系统，在安装操作系统时可以很方便地将分区的文件系统转换为新版的NTFS格式，这种转换可以保证分区中的文件不受任何影响(与格式化一个分区完全不同)。如果使用的是FAT或FAT32文件系统的分区，而且不需要保护分区中的文件，用户可以使用NTFS文件系统对整个分区进行格式化，而无须将分区从FAT或FAT32转化过来。对分区进行格式化会删除该分区上的所有数据，但与把FAT或FAT32文件系统的分区转换为NTFS文件系统分区相比，使用NTFS文件系统对分区进行格式化时分区中的碎片会更少，性能也会更高。
容量的差异
我们在使用大容量硬盘时，为确保完全使用硬盘的所有容量，往往需要对能够使用的容量做一些检测的工作。但是在实际的使用中，往往发现硬盘的容量比厂商标称的要少一些，例如30GB的硬盘可用容量只有28GB多一点，这是为什么呢？其实这是一个老掉牙的问题了。只是以前硬盘小的时候，标称容量和实际容量之间的差异没有现在这么大而已，自然也没有引起很多人的注意。可是现在的硬盘动辄1、2个GB的容量差别，自然很多用户不明白，还以为没能完全使用到所有的容量或者是上了JS的当。
其实，这是一个厂商和操作系统如Windows等的计算方法不一样造成的。在硬盘容量的标准上，硬盘厂商的1K=1000字节，1M=1000K，1G=1000M，自然和操作系统的以1024为进位的标准一定的差异了。由此我们可以算出30GB的硬盘容量实际上在操作系统中能够使用的只有28GB左右。